"Southampton Football Club kan bekræfte, at klubben har haft samtaler med mændenes førsteholdtræner, Ruben Selles, og har besluttet, at hans kontrakt ikke vil blive forlænget, når den udløber ved sæsonafslutningen," siger Southampton i en pressemeddelelse.
Den 39-årige spanier, der kom til Southampton som assisterende træner fra FC København i juni sidste år, blev i februar i år udnævnt som ny cheftræner indtil slutningen af sæsonen efter fyringen af Nathan Jones, men var ude af stand til at redde dem fra nedrykning efter 11 sæsoner i den bedste liga
Southampton, med kun én kamp tilbage i denne sæson, ligger nederst i Premier League med kun 24 point efter 37 kampe.
"Ruben vil have ansvaret for holdet til den sidste kamp mod Liverpool på søndag på St Mary's. Vi ønsker ham alt det bedste for hans fremtidige karriere." siger Southampton.
Spanieren har blot vundet to kampe ud af 16 som manager siden han overtog i januar - mod Chelsea og Leicester City.
Southampton er indstillet på at udnævne Swansea City-bossen Russell Martin (37) som ny cheftræner, skriver britiske medier.