Marcus Rashford bragte undertippede United foran på Etihad søndag, men to mål af Phil Foden og et mål af Erling Haaland i tillægstiden sikrede de forsvarende mestre en 3-1-sejr.
Det var første gang nogensinde, at City kom bagud og slog United i en Premier League-kamp, og gæsterne led deres første nederlag i en ligakamp, hvor de førte ved pausen siden 2014.
Kun to gange i Premier League-æraen har United tabt mere end 11 kampe på en sæson - 12 i 2013/14 og 2021/22.
Nederlaget til rivalerne fra den anden ende af byen betyder, at United er 19 point efter Premier Leagues førerhold Liverpool med 11 kampe tilbage.
Men Erik ten Hags hold står over for en hård kamp, bare for at sikre en Champions League kvalifiktion til næste sæson.
United ligger nummer seks, 11 point efter Aston Villa på fjerdepladsen og seks point efter Tottenham, som har en kamp i hånden på femtepladsen, hvilket stadig kan være nok til at kvalificere sig til Champions League.
"Vi er nødt til at se fremad," sagde Fernandes til MUTV, mens opmærksomheden er rettet mod lørdagens møde med Everton på Old Trafford.
"Vi er ikke kun afhængige af os selv for at komme i de positioner, vi ønsker. Det gemmer vi os ikke for.
"Vi vil gerne være med i Champions League, og vi vil forsøge at komme op på den fjerdeplads indtil slutningen af sæsonen.
"Det giver dig mulighed for at komme i Champions League, så vi ved, at det bliver svært, men vi er nødt til at gøre alt, hvad vi kan."
Den portugisiske landsholdsspiller sagde, at Uniteds fans ville give holdet et stort boost på hjemmebane.
"Til den næste kamp på hjemmebane ved vi, at vores fans vil være der igen og igen. De står bag os, de presser os, og i næste kamp skal vi tage derhen og vinde den kamp."